4．2 SSR(Simple sequence repeat，簡單序列重復(fù)標記)

由Moore等于1991年創(chuàng)立。SSR即微衛(wèi)星DNA，是一類由幾個(多為1～5個)堿基組成的基序(motif)串聯(lián)重復(fù)而成的DNA串聯(lián)重復(fù)序列，其長度一般較短，廣泛分布于基因組的不同位置，如(cA)n、(AT)n、(GGC)n等重復(fù)。不同遺傳材料重復(fù)次數(shù)的可變性，導(dǎo)致了SSR長度的高度變異性，這一變異性正是SSR標記產(chǎn)生的基礎(chǔ)。盡管微衛(wèi)星DNA分布于整個基因組的不同位置，但其兩端序列多是保守的單拷貝序列，因此可以根據(jù)這兩端的序列設(shè)計一對特異引物，通過PCR技術(shù)將其間的核心微衛(wèi)星DNA序列擴增出來，利用聚丙烯酰胺凝膠電泳分析技術(shù)比較擴增帶在膠板的不同距離，來判斷不同生物體的特定SSR座位多態(tài)性，就可獲得其長度多態(tài)性即SSR標記。

SSR標記的主要特點有：(1)數(shù)量豐富，廣泛分布于整個基因組；(2)具有較多的等位性變異；(3)共顯性標記，可鑒別出雜合子和純合子；(4)實驗重復(fù)性好，結(jié)果可靠；(5)但是由于創(chuàng)建新的標記時需知道重復(fù)序列兩端的序列信息，因此其開發(fā)有一定困難，費用也較高。

4．3 AFLP(AmpI ified fragment length polymorphism)

AFLP又名限制片段選擇擴增技術(shù)(selective Restriction Fragment Amplification，SRFA)。AFLP標記是選擇性擴增基因組DNA酶切片段所產(chǎn)生的擴增產(chǎn)物的多態(tài)性，其實質(zhì)也是顯示限制性內(nèi)切酶酶切片段的長度多態(tài)性，只不過這種多態(tài)性是以擴增片段的長度不同被檢測出來。該技術(shù)結(jié)合了RFLP的穩(wěn)定性和PCR技術(shù)的簡便高效性，同時又能克服RFLP帶型少、信息量小以及RAPD技術(shù)不穩(wěn)定的缺點。其基本技術(shù)原理和操作步驟如下：首先用限制性內(nèi)切酶酶解基因組DNA，形成許多大小不等的隨機限制性片段；接著在這些片段的兩端連接上特定的寡聚核苷酸接頭(0ligo nuleotideadapter)；然后根據(jù)接頭序列設(shè)計引物，由于限制性片段太多，全部擴增則產(chǎn)物難以在膠上分開，為此在引物的3’端加入1～3個選擇性堿基，這樣只有那些能與選擇性堿基配對的片段才能與引物結(jié)合，成為模板被擴增，從而達到對限制性片段進行選擇擴增的目的；最后通過聚丙烯酰胺凝膠電泳，將這些特異性擴增產(chǎn)物分離開來。

AFLP標記的主要特點有：(1)由于AFLP分析可以采用的限制性內(nèi)切酶及選擇性堿基種類、數(shù)目很多，所以該技術(shù)所產(chǎn)生的標記數(shù)目是無限多的；(2)典型的AFLP分析，每次反應(yīng)產(chǎn)物的譜帶在50～100條之間，所以一次分析可以同時檢測到多個座位，且多態(tài)性極高；(3)表現(xiàn)共顯性，呈典型孟德爾式遺傳；(4)分辯率高，結(jié)果可靠。(5)但目前該技術(shù)受專利保護，用于分析的試劑盒昂貴，實驗條件要求較高。

4．4 RAPD(Random amp I ification polymorphism DNA，隨機擴增多態(tài)性DNA標記)

RAPD以PCR技術(shù)為背景，以人工合成的堿基順序隨機排列的寡核苷酸單鏈為引物(長度為9～10個堿基)，對所研究的基因組DNA進行PCR擴增，產(chǎn)生不連續(xù)的DNA產(chǎn)物，然后用電泳技術(shù)，以檢測DNA序列的多態(tài)性，這些擴增片段的多態(tài)性反映了基因組相應(yīng)區(qū)域的多態(tài)性。

RAPD標記技術(shù)就是用隨機引物(一般為8～10個堿基)非定點地擴增基因組DNA，然后用凝膠電泳分開擴增片段。遺傳材料的基因組DNA如果在特定引物結(jié)合區(qū)域發(fā)生DNA片段插入、缺失或堿基突變，就有可能導(dǎo)致引物結(jié)合位點的分布發(fā)生相應(yīng)的變化，導(dǎo)致PCR產(chǎn)物增加、缺少或發(fā)生分子量變化。若PCR產(chǎn)物增加或缺少則產(chǎn)生RAPD標記。